第一，不吃内脏。重金属等污染物容易积聚在贝类生物的内脏团中，而肌肉中的重金属含量最低。因此，只能吃贝类的肌肉部分。“看颜色”是较简单的判断方法。打开壳后，略微发黑的肉块多是内脏团。有些贝类内部有一根黑色的沙线，也不能吃。
第二，挑外壳平滑的。相对于外表疙疙瘩瘩的生蚝、扇贝等，蛏子、贻贝等外表干净、平滑，附着脏东西少，相应污染也少。
第三，盐水浸泡，充分加热。烹饪前，先要把贝类放入食盐水中“养”一段时间，这样能帮助贝类排出各种毒素和沙子，然后，用小刷子仔细清洁贝壳的表面。烹饪手法首选蒸、煮等，能彻底加热、杀死细菌。烧烤的方法易造成受热不均，外熟里生，建议少用。
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